حكيم مؤسس بحثى نيست و مطمئنا مىتوان آن را در زمره آثار حكيم مؤسس به حساب آورد . ضمنا اين رساله تاكنون منتشر نشده است و براى نخستين بار در اين مجموعه به زيور طبع آراسته مىشود . تحليل مفاد رسالة فى احكام الوجود و الماهيه مسئلهء اوّل : موجود در تحليل عقلى به وجود و ماهيه تجزيه مىشود ، هر چند در واقع وجود و ماهيت متحدند و حكم هر يك بر ديگرى حمل مىشود ، اين حمل به لحاظ فلسفى مجاز است و به لحاظ عرفى حقيقت . مسئلهء دوّم : دو قضيه « فلان موجود فى السماء » و « فلان معدوم فى السماء » دو گونه قابل تحليل فلسفى است ، يكى اين كه « فى السماء » قيد محمول باشد ، و ديگرى اين كه ظرف و قيد نسبت حمليه باشد . نقيض اين دو قضيه در دو صورت فوق كاملا با هم متفاوت است ، در يكى رفع وجود خاص است و در ديگرى رفع وجود مطلق . مسئلهء سوّم : ارتفاع نقيضين مطلقا ممنوع نيست ، چرا كه بين سلب المقيد و السلب المقيد تفاوت است . بنابراين رفع وجود مقيد به مرتبه مىبايد با توجه به ظرائف فوق تحصيل شود . ارتفاع نقيضين در يك مرتبه ممتنع است ، اما در دو مرتبه هيچ دليلى بر امتناع آن در دست نيست . توجه به ابتكار صدر المتألهين در تفكيك مفاد حمل اولى از حمل شايع صناعى فهم ارتفاع نقيضين مجاز و ارتفاع نقيضين ممنوع را تسهيل مىكند ، به عبارت ديگر ارتفاع نقيضين به حمل شايع ممنوع و به حمل اوّلى مجاز است . مسئلهء چهارم : چگونه از يك سو امكان ، ذاتى ماهيت قلمداد مىشود و از سوى ديگر گفته مىشود الماهيه من حيث هى ليست الاهى ، يعنى حتى در آن امكان اخذ نشده است ؟ آقا على با بيان سه معناى مختلف براى امكان ، به تحليل رأى صدر المتألهين در فرق بين سلب تحصيلى و ايجاب عدولى در معناى امكان مىپردازد و در دنبال با بررسى نظر ملا على نورى ، به بيان تفاوت بين لوازم ماهيت و لوازم وجود مىپردازد . مسئلهء پنجم : به تفاوت ظريف بين اين كه بر ذاتى مفهومى صدق كند از يك سو ، و بين اين كه ذاتى مصداق مفهومى قرار گيرد از سوى ديگر ، اختصاص دارد ، در حقيقت آقا على